朝倉市長收到一封神秘的恐嚇信，內容為：「對於你那4年執政中桀驁不馴的態度，上天將給予懲罰！」。隔天，由市長主導開通的新地下鐵隧道遭到炸毀。雖然多虧柯南知道恐嚇信而使得這次爆破事件沒有人員傷亡，但是奪取市長性命失敗的犯人勢必將再次犯案，並帶來更大的災害，調查朝倉市長歷年事政的柯南，察覺到極有可能是在國土交通大臣時代所推動的水庫建設案中，懷有恨意的犯人就在那相關關係人等之中，因此決定進行深度搜查。 因為水庫的建造，沉入湖底的新潟縣北之澤村村民遷移到鄰近土地已有5年了，在這5周年紀念的日子裡聚集了許多人前來參加。可能如推測，犯人就在那人群之中嗎？柯南展開事件調查的同時，巧遇5位在8年前就是兒時玩伴的男女相聚在此地。 糾纏他們的黑暗陰影、忌妒、憤恨，以8年前交通死亡事故為契機，一直到水庫建設後的今。然而就在和交通事故發生的同一天，8年前行經懸崖而墜落失去意識的少年冬馬醒了過來，對於交通事故發生當日的記憶，有一點一滴逐漸喚醒的冬馬有著迫切的危機。果然，在那群兒時玩伴中又有一人遇害，屍體被尋獲了，這黑暗陰影也一步步的逼近少年偵探團。